廢水除磷通常使用化學除磷劑或生化除磷兩種方法。而碳源作為微生物的營養物質，通常被用于反硝化菌降解總氮中。通過提高水體中的C：N，達到反硝化菌的最佳范圍，提高微生物活性，提高生化脫氮效果。
生化除磷主要是利用聚磷菌在厭氧、好氧兩個不同環境下的聚磷與釋磷反應，好氧前端的厭氧段活性污泥里的聚磷菌需滿足釋放磷的功能，好氧段活性物中的菌種可以過量地攝取磷。系統內通過不斷的聚磷、釋磷后，廢水中的磷酸鹽被活性污泥吸附形成富磷污泥，再通過剩余污泥排放達到減少污水中磷含量。
碳源是在厭氧條件下發酵成為揮發性脂肪酸（VFAs），可以轉變為聚b-羥基丁酸，以聚b-羥基丁酸等有機顆粒的形式貯存于細胞內，以此同時就是降解聚磷酸鹽過程中的磷酸排出體外。
即在生化除磷中，碳源為其提供原料，因此，在廢水生化除磷中通常會要求C/TP。碳源包括原水中所含有機物的內碳源，及C:TP不足，外加的碳源。需要注意的是在除磷脫氮工藝中，如同時啟動，需要注意兩者的兼容性，避免影響脫氮除磷效果。
生化除磷還需要控制溫度、PH值、泥齡及溶解氧量等的影響，具體可參考：想做好生化除磷處理，你需要控制好這幾點