碳源是有機物，投加量大，水中溶解氧不足，水體缺氧污泥上浮，絲狀菌膨脹，氨氮超標。而投加量不足則會造成反硝化反應弱，總氮超標。
如復合碳源等外加碳源一般投加于廢水深度處理的反硝化生化濾池或反硝化缺氧池/厭氧池入水口。如A2O工藝中，通常是投加于第2個A段的進水口。投加量可按C:N:P=100:5:1的比例投加碳源。
如采用加藥管投加點投加碳源，需要充分考慮內回流的硝化液中的溶解氧的影響，不要直接放置于硝化液回流點的位置。溶解氧較高時，投加的碳源容易被異養菌和反硝化兼性菌的利用掉，進入反硝化作用的碳源量減少，除了曝氣外，跌水曝氣也會增加水中的溶解氧，因此，碳源投加點直接投加在回流點的位置上，可能會造成碳源的好氧狀態下損失，增加反硝化所需的碳源投加量和成本。盡量避開回流點平行區域。因此，復合碳源可投加于內回流點位下游的3-5m（反硝化區較小時，可縮減到2-3米）。同時還要注意規避水力死角。
