生化處理工藝由于環保安全、成本低而備受歡迎。特別是基本不產生二次污染，可降低成本運行成本。
在污水處理中根據處理的水質水量情況選擇對應的處理工藝，根據處理工藝和處理要求，投加微生物菌種，一般來說經過前其微生物培養、馴化后，加以維護，生化系統可長期運行。簡單地說微生物菌劑不需要長期投加，只需要在前期啟動階段及后期的維護或出現異常需加強處理時添加。在維護階段可通過觀察生化池表觀的異常進行對應的工藝調整及維護。
在生化處理中可向活性污泥或微生物填料中投加微生物菌劑，用哪種菌劑主要看看是要處理哪些指標。
降解氨氮的可以投加硝化細菌，它可在好氧池中將氨氮轉化為硝酸鹽和亞硝酸鹽氮。
去除總氮的可用反硝化細菌，在厭氧階段進行反硝化反應，產生氮氣。
降解COD的采用COD降解菌
去除磷酸鹽的則使用聚磷菌
具體投加量則根據生化池的容積大小和水質水量情況進行計算。
